距之前户田勘解由阴谋破灭已过三年，修行中的柳生十兵卫接到父亲密令重返江户。此时的九州岛原，因领主的暴政，浪人与切支丹揭竿而起。朝廷欲利用叛乱掌控幕府，而幕府则打算借机将不安分子一网打尽。十兵卫的师兄，同为剑豪的荒木右卫门因朝廷的要挟，与十兵卫反目成仇。一边迎战强敌一边质疑着父亲为政之道的十兵卫，再次踏上了阻止阴谋拯救百姓之路。先是遭遇飞龙一般巨大凶猛的怪鸟，还是一大群，然后发现这座城市被都怪物占..